為解決化肥恢復征收增值稅以前庫存化肥的增值稅問題，8月28日，財政部、國家稅務總局聯合下發(fā)《關于對化肥恢復征收增值稅政策的補充通知》。按該通知規(guī)定，庫存化肥在未來10個月內增值稅稅率為3%。此規(guī)定的出臺，使得生產廠家和經銷商不急于在9月1日前清空庫存，有助于化肥市場的平穩(wěn)。
《補充通知》規(guī)定，自2015年9月1日起至2016年6月30日，對增值稅一般納稅人銷售的庫存化肥，允許選擇按照簡易計稅方法依照3%征收率征收增值稅。也就是說，2015年8月31日前生產廠家生產的化肥或經銷商購進的尚未銷售的庫存化肥，到明年7月1日后銷售的才征收13%增值稅。在此之前銷售的，仍按簡易計稅方法依照3%稅率征收增值稅。存放在港口用于出口的庫存化肥，也參照此規(guī)定執(zhí)行。
另外，《補充通知》還對《財政部 國家稅務總局關于農民專業(yè)合作社有關稅收政策的通知》（財稅〔2008〕81號）做了部分修改。按照后者的規(guī)定，對農民專業(yè)合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。為保證化肥征收增值稅政策的一致性，這次《補充通知》對這一規(guī)定進行了修改，決定第三條關于“化肥”的規(guī)定自 2015年9月1日起停止執(zhí)行，也就是說，即使是農民專業(yè)合作社向本社成員銷售化肥，也同樣要征收增值稅。
