沒有獲得農業(yè)部登記證的產品不能購買。國家規(guī)定微生物肥料必須經農業(yè)部指定單位檢驗和正規(guī)田間試驗，充分證明其效益、無毒、無害后由農業(yè)部批準登記，而且先發(fā)給臨時登記證，經3年實際應用檢驗可靠后再發(fā)給正式登記證，正式登記證有效期5年。沒有獲得農業(yè)部登記證的微生物肥料，質量有可能有問題，不要購買和使用。
有效活菌數(shù)達不到標準的微生物肥料不能購買。國家規(guī)定微生物菌劑有效活菌數(shù)≥2億/克 (顆粒1億/克)，復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數(shù)≥2000萬/克。如果達不到這一標準，說明產品質量達不到要求。
存放時間超過有效期的微生物肥料不要使用。目前我國微生物肥料有效菌存活時間超過1年的不多，所以選購的微生物肥料要盡快使用，過期的微生物肥料效果肯定不好。
存放條件和使用方法須嚴格按規(guī)定辦。微生物肥料中很多有效活菌不耐高低溫和強光照射，不耐強酸堿，不能與某些化肥和殺菌劑混合，在使用微生物肥料時必須按產品說明書進行科學保存和使用。
