但伴隨產業(yè)發(fā)展，氮肥產業(yè)發(fā)展也存在一些問題。
一是產能問題。伴隨產業(yè)發(fā)展，產能過剩的問題越來越突出。目前尿素的產能是7148萬噸，到2015年將達到9000萬噸。氮肥行業(yè)面臨著資源和環(huán)境的雙重約束，國家相繼出臺了高耗能產品的能源消耗限額，加強對企業(yè)能源消耗的監(jiān)管，包括合成氨、尿素、碳銨、硝酸等。此外，天然氣、煤、電、水資源價格在不斷上升，資源的約束對氮肥產業(yè)來講是越來越大。
二是化肥優(yōu)惠政策對氮肥的影響。長期以來，政府為了有效解決十幾億人的吃飯問題，實施了包括合成氨的氣價、化肥產品運價和電價優(yōu)惠，并免收一些增值稅，這些政策的實行對中國化肥行業(yè)的發(fā)展起了非常重要的作用。目前來看，隨著市場經濟的發(fā)展，國家雖然沒有明文取消這些優(yōu)惠政策，但是幾經調整，氣價、電價優(yōu)惠幅度明顯降低，不久的將來，化肥優(yōu)惠政策的取消是必然的趨勢。以化肥的氣價為例，目前按照存量氣到廠氣價是1.6元，增量氣價要提到2元以上，而且化肥氣價的取消已經有了時間表。到2016年，化肥的存量氣、增量氣將實行并軌�；实倪\價，在2003年之前化肥的鐵路運輸執(zhí)行的是特殊運價，就是每噸千公里的運費是23.4元，運價幾經調整，目前執(zhí)行二號運價，每噸千公里提高73塊錢，應該說增長了200%。這些都會讓化肥企業(yè)面臨生存危機。
三是尿素的出口政策。為了保證國內的用肥，從2004年以來國家多次調整化肥的出口政策，目前執(zhí)行的政策是按淡旺季執(zhí)行不同的關稅，以及執(zhí)行同價的關稅。從2013年看，尿素的基準價是2.26元，淡季窗口期是7月1日到10月31日，這時候執(zhí)行的稅率是2%，其余8個月將征收75%的特別關稅。應該說這種出口政策，對于絕對保證國內用肥的需求確實起到了作用。但是目前產能過剩的情況下，很多企業(yè)提出建議，希望政策調整。
四是淡季儲備政策。中國農業(yè)用肥有淡旺季，從2004年開始國家實行了化肥淡季商業(yè)儲備制度，運作原則是企業(yè)儲備，銀行貸款，政府貼息，市場運作，自負盈虧。去年共1600萬噸，今年又增加了200萬噸，對于氮儲來說保證了春季用肥。但是由于產能增加，儲量過大，往往導致了旺季的價格低于淡季的價格，使流通企業(yè)虧損嚴重，使市場信心缺失，農資企業(yè)虧損，且生產企業(yè)的開工率明顯降低。
五是農業(yè)產業(yè)化的發(fā)展對化肥產業(yè)的影響。一、農業(yè)經營主體改變，隨著土地流轉，傳統(tǒng)個體農戶讓位于種植大戶。二、農業(yè)的高效，農產品(9.11,-0.08,-0.87%)的安全，生態(tài)環(huán)保的發(fā)展方向，要求化肥必須高效化、功能化、便捷化和友好化發(fā)展。三、農業(yè)的生產模式，要求化肥企業(yè)要積極創(chuàng)新經營模式，要由傳統(tǒng)的化肥供應商向綜合服務商轉型。四、科學施肥理念的普及，測土配方的推廣，對氮肥品種提出了新要求，同時也為新品種化肥的發(fā)展提供了新的契機。農業(yè)產業(yè)化的發(fā)展，要求氮肥產品創(chuàng)新，服務要創(chuàng)新。
